Основанный в честь Пресвятой Троицы и во имя святителя Ипатия епископа Гангрского, монастырь считается одним из древнейших в России. Согласно преданию, монастырь основал в 1330 г. татарский мурза Чет, прибывший из Золотой Орды для сбора дани. Однажды, когда он был тяжело болен, ему привиделась Богородица в сопровождении апостола Филиппа и святителя Ипатия. Божья Матерь обещала мурзе исцеление и попросила построить обитель в честь своих спутников. Мурза Чет (в крещении Захария) всячески поддерживал основанную им обитель.

Покровительствовали монастырю и его потомки — представители знатных боярских фамилий Годуновых и Сабуровых. После Смутного времени, в 1613 г. в Ипатьевском монастыре Земским собором был избран на царство Михаил Фёдорович, первый из Романовых, которому прямо в его стенах сообщили об избрании царем, так что до 1917 г. Романовы были его меценатами. Палаты Романовых в Ипатьевском монастыре тоже нашли своё отображение на этюде Н.К.Рериха «Терем бояр Романовых», описание к которому, помещенное десятью картинами ниже, рекомендуется обязательно прочесть.